سازمان سيا از بدو به وجود آمدن خود داراي سه واحد مستقل بوده است. اين سه واحد عبارتند از:
1. سرويس جمع‌آوري اطلاعات خارجي
2. سرويس عمليات ضدجاسوسي و ضداطلاعاتي
3. سرويس مداخلات مخفي در كشورهاي خارجي
تأسيس دو سرويس اول رسماً در كنگره آمريكا مورد تأييد و تصويب قرار گرفت ولي سرويس سوم همواره مخفي ماند و به طور نامرئي و غيررسمي به كار خود در كشورهاي خارجي ادامه داد. تمامي آشوبها و كودتاهاي آمريكايي در كشورهاي خارجي كه با تلاش مأمورين مستقر در سفارتخانه‌هاي آمريكا صورت مي‌گيريد، بدون استثنا توسط اداره مزبور رهبري مي‌شود.
مأموران سازمان جاسوسي سيا كه در كشورهاي خارجي فعاليت مي‌كنند، معمولاً عضو واحد سياسي سفارتخانه‌هاي آمريكا هستند كه در لباس ديپلمات فعاليت دارند و اين مأموران تحت نظارت دفتر سياسي سفارت مسئوليت نفوذ در احزاب سياسي – انجمن‌ها – مجامع شهري – گروه‌هاي دانشجويي – اتحاديه‌هاي كارگري – وسائل ارتباط جمعي – مراكز اداري و نظامي را عهده‌دار هستند. شايد آن قدر كه مأموران سيا در كشورهاي خارجي سعي مي‌كنند در ارتش اين كشورها نفوذ كنند وابستگان نظامي آمريكا در سفارتخانه‌ها از چنين وظيفه‌اي برخوردار نيستند.
وزارت امور خارجه آمريكا معمولاً در سفارتخانه‌هاي خود واحدي به نام «مراكز عملياتي» دارد كه رئيس اين مركز فرماندهي عمليات گوناگون جاسوسي در كشور مورد نظر را بر عهده دارد. وي و مأمورانش همگي داراي گذرنامه سياسي و مزاياي ديپلماتيك هستند. در كشورهايي كه دامنه حضور آمريكا وسعت بيشتري دارد، مديران ديگري از سيا تحت نام رؤساي پايگاه‌ها در محل كنسولگري و يا در پايگاه‌هاي نظامي آمريكا خدمت مي‌كنند. از اين افراد در عمان – عربستان – فيليپين – مصر – سودان – آلمان غربي – انگليس و... با لباس‌هاي ديپلماتيك به فعاليت جاسوسي مشغول هستند.
در سفارتخانه‌هاي آمريكا در كشورهاي خارجي دفتري براي ثبت فعاليت مأموراني كه زيرنظر دفتر سياسي سفارتخانه به جاسوسي مشغول هستند وجود دارد. در اين دفتر تمام عمليات موفق و ناموفق مأموران و عوامل نفوذي آمريكا در مراكز دولتي يا نظامي با حروف و علائم رمز ثبت مي‌شود. كليه اين عمليات چه موفق و چه ناموفق پس از پايان آن به وزارت خارجه آمريكا تلكس مي‌شود. اين دفتر از جمله اسنادي است كه سفارتخانه‌هاي آمريكا در جهان به محض احساس خطر مبادرت به مخفي كردن و يا معدوم نمودن آن مي‌كنند.
سفيران آمريكا در خارج از كشور الزاماً مأموران سيا نيستند ولي هرگاه كشوري از نظر اوضاع سياسي يا اقتصادي رو به وخامت بگذارد آمريكا مأموران ورزيده سيا را جايگزين سفيران خود مي‌كند تا بتواند از هر موقعيتي به نفع آمريكا سود جويد.
انتصاب «هاري شوارمن» در سفارت آمريكا در ونزوئلا در اوج احساسات ناسيوناليستي مردم و انتصاب «ريچارد هلمز» در سفارت آمريكا در ايران (قبل از ويليام سوليوان در رژيم گذشته) كه به هنگام بروز ناآراميهاي سياسي در ايران صورت گرفت و همچنين انتصاب «دونالد سي ليدل» در سفارت آمريكا در بحرين به هنگام بحراني شدن اوضاع در خليج فارس (خرداد 63) نمونه‌‌هايي از اين واقعيت هستند. همچنين به هلاكت رسيدن حداقل 7 عضو سازمان سيا در جريان انفجار سفارت آمريكا در بيروت (1/8/62) از جمله «روبرت اميس» مدير شعبه خاورميانه‌اي سازمان مزبور نمايانگر حضور فعال مأموران سيا در كشور بحراني لبنان بوده است.
يكي از كارشناسان آمريكايي اخيراً گفته بود «اطلاعات و گزارشهايي كه همواره از طرف سفارتخانه‌هاي آمريكا در جهان پيرامون اوضاع سياسي كشورها به ستاد مركزي سيا و وزارت امور خارجه آمريكا مي‌رسد نقشي به مراتب مؤثرتر از ذوق و علاقه شخصي مقامات آمريكا در تعيين سياست خارجي اين كشور دارد». وي گفت «اصولاً سياست خارجي آمريكا در تمامي ابعاد اقتصادي، سياسي و نظامي را تئوريسين‌ها و مشاوران كاركشته و كارشناسان باسابقه‌اي تعيين مي‌كنند كه كمتر داراي مشاغل محدود دولتي هستند و اينگونه كارشناسان و تئوريسين‌ها عموماً در خدمت سازمان امنيتي ايالات متحده (سيا) هستند. يك كارشناس سياسي گاهي نظراتش بيش از نظرات يك وزير دولتي با مواضع آمريكا هماهنگ است و ما از اين كارشناسان زبده در تمام سفارتخانه‌هاي خود در جهان به كار گمارده‌ايم.»
سخنان اين كارشناس آمريكايي دقيقاً منطبق بر واقعيت است چرا كه امروز سازمان سيا نه تنها در تمام شئون زندگي مردم آمريكا دخالت دارد بلكه حركت خزنده و نفوذ خود را به تمام كشورهاي جهان كشانده است و همين امر باعث شده بود تا «كندي» به محض احراز مقام رياست جمهوري فعاليت‌هاي اين سازمان را شديداً محدود كرده و تحت كنترل يك كميسيون پارلماني درآورد. اگر چه فعاليت‌هاي جاسوسي سيا در زمان كندي تا حدودي كاهش يافت ولي از زمان نيكسون اين سازمان مجدداً پروبال يافت و از آن پس هيچ‌يك از رؤساي جمهور آمريكا حاضر نشدند عمليات فزاينده جاسوسي اين سازمان را محدود نمايند.
سازمان جاسوسي آمريكا در طول جنگ آرژانتين با انگليس (1361) كه بر اثر بحران جزائر مالويناس به وقوع پيوست موفق شده بود به كمك مأموران خود در سفارت آمريكا در بوئنوس‌آيرس (پايتخت آرژانتين) علائم رمز ارتش آرژانتين را متناوباً ضبط كرده و در اختيار ارتش انگليس قرار دهد.
هفته‌نامه آمريكايي نيوزويك پس از پايان اين جنگ در گزارشي نوشت، سازمان سيا از يك شبكه جهاني استراق سمع برخوردار است كه بدين وسيله بسياري از ارتباطات تلفني را مي‌تواند كنترل كند و ارتش انگليس با كمك اين تأسيسات توانسته بود به مدد لانه جاسوسي آمريكا در آرژانتين اطلاعات سري مربوط به محل، موقعيت و چگونگي آرايش نظامي ارتش آرژانتين را دريافت كرده و از اين طريق به مقابله آنها بپردازد.
ويليام كيسي رئيس وقت سازمان جاسوسي سيا در اسفند ماه سال 1361 در جلسه هيأت اجرايي دفاع ملي آمريكا گفت «سازمان سيا در تمام كشورهايي كه براي آمريكا اهميت حياتي داشته باشد فعاليت‌هاي جاسوسي شديد را به منظور ارزيابي ميزان ثبات اين كشورها اعمال مي‌كند». وي در اين جلسه كارتر رئيس‌جمهوري اسبق آمريكا را به خاطر عدم آگاهي در مورد سقوط قريب‌الوقوع شاه ايران مورد نكوهش قرار داد و گفت: «چنين اتفاقاتي عليه منافع آمريكا ديگر در هيچ كجاي جهان اتفاق نخواهد افتاد.»